Mitte des 15. Jahrhunderts teilte sich der Pappenheimer Familienzweig in vier Linien auf. Der Zusammenhalt trotz religiöser Verschiedenheit wurde durch Familienverträge bewahrt.

Seit 1430 Mitglied des schwäbischen Ritterkantons Kocher, gehörte die Familie bereits seit dem 13. Jahrhundert dem Freiherrenstand an. Eine formelle Erhebung fehlt. Als Freiherren genossen sie gegenüber den Rittern einige Vorrechte (Gesetzes - und Kirchenhoheit, Geldprägung) und unterstanden direkt dem Kaiser.

Die Söhne des Marschalls Haupt II. begründeten 1444 die
vier Pappenheimer Linien:

• Alesheim

• Rothenstein (Allgäu-, ausgestorben 1635)

• Gräfenthal (Thüringen; ausgestorben 1599)

• Treuchtlingen (ausgestorben 1647)

Herrschaft und Burg Pappenheim wurden gemeinsam regiert und vom jeweiligen Familiensenior verwaltet. Somit teilte sich die pappenheimische Herrschaft in Familien-, Linien- und Individualbesitz auf.

In der Konfessionsfrage eingebunden zwischen dem protestantischen sächsischen Kurfürsten und dem katholischen Reichsoberhaupt konnten die Pappenheim nur vorsichtig agieren. Während sich Gräfenthal 1530 den Lutheranern anschloss, besetzten andere Pappenheimer Bischofs- und Domherrnstühle. Erst nach dem Augsburger Religionsfrieden von 1555 führten die Herrschaften Rothenstein (1558), Treuchtlingen (1559) und Pappenheim (1562) die Reformation ein.

Der Familienzusammenhalt wurde in internen Verträgen von 1534 und 1580 geregelt. Dazu gehörten vor allem Bestimmungen zum Seniorat und zur gemeinsamen Herrschaft sowie zum Prozessbeistand.