Als ein Synonymm für die Greuel des Krieges steht die Eroberung der Stadt Magdeburg die nach Pappenheims Angriff Brandschatzung und Mord zu erleiden hatte. Der Fall der Stadt wurde zum Fanal für die Protestanten.

Magdeburg als wichtiger Stützpunkt, den der Schwedenkönig unter allen Umständen halten wollte, war zu einem militärischen Prestigeobjekt geworden. Pappenheim zeigte trotz der Ränke in den eigenen Reihen seine Qualitäten als Schanzmeister und überrumpelte die Verteidiger am 31. Mai 1631. Straßenkämpfe und Plünderung führten zu Greueltaten und Brandschatzung, zu Schändung und Verwüstung. Bald stand ganz Magdeburg in Flammen, ca. 20 000 Menschen fielen dem Feuer zum Opfer.

Pappenheim bekam die Hauptschuld am Brand der Stadt zugewiesen, weil er bei der Erstürmung der Mauern ein Haus in Brand stecken ließ. Der anfängliche ligistische Triumph hatte sich in einen Pyrrhussieg verwandelt, da der von Tilly benötigte Proviant in Flammen aufgegangen war. Die Magdeburger Niederlage zwang die Protestanten zu mehr Zusammenhalt.

Den endgültigen Wendepunkt des Krieges bildete die ligistische Niederlage bei Breitenfeld. In der Folgezeit führte der Erbmarschall im Nordwesten des Reiches mit wechselhaftem Erfolg einen Kleinkrieg gegen die Schweden.